安徽中醫(yī)藥大學創(chuàng)建于1959年，其前身為1952年創(chuàng)立的安徽省中醫(yī)進修班（學校）。1959年，安徽省政府正式批準成立安徽中醫(yī)學院，郭沫若先生題寫校名。1970年，安徽中醫(yī)學院并入安徽醫(yī)學院。1975年，國家教育部批準恢復安徽中醫(yī)學院。2000年，安徽省醫(yī)藥學校并入安徽中醫(yī)學院。2011年，省政府批準在安徽中醫(yī)學院的基礎上組建成立安徽省中醫(yī)藥科學院。2013年，教育部同意安徽中match醫(yī)學院更名為安徽中醫(yī)藥大學。
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